"Оберегать" - окружать берегами. т.е. Бог носился над водой и, так сказать, "опекал" воду берегами. Какой-никакой во фразе появился смысл.
Я думаю, что самая первая Библия была славянская, а евреи украли текст и теперь выдают его за свой. А что? Все может быть, РАО ведь тогда не было.